El 20 de agosto de 2011 la Arandina debuta en Segunda División B contra la Gimnástica y cae derrotada por 3-2. La Arandina finaliza la temporada con 39 puntos, y tan solo una mala racha en los últimos siete partidos apea a la Arandina de la salvación. A pesar de no conseguir la permanencia, la Arandina consigue victorias de mérito contra Deportivo Alavés, Osasuna Promesas o Sestao River, además de vencer los cuatro partidos contra los equipos recién ascendidos de su región Burgos C.F.
